Üç asır önce, Guiseppi De Angelo adlı bir simyacı genetik biliminin temel sırrını tesadüfen keşfetmişti. Bu temel sır tarihi ebediyen değiştirebilirdi. 300 yılda Simyacının devam ettirdiği deneyleriyl...

Huzur bulmak umuduyla eski köyüne dönen Zatoichi, bunu yerine kendini sorunların ortasında bulur. Bir aşk üçgeninin içine düşmüştür ve eski hasımları onu evine kadar takip etmiştir....

Shimonita şehrine varınca Zatoichi, oradaki yakuza elebaşının başına ödül koyduğunu öğrenir. Tuzağa düşürülür, fakat eski bir sevdiğinin katilinin izini bulunca, kiralık bir gezgin Samuray olan katile...