Ninja kardeşler güzel bir gün geçirmek için gittikleri Mega Mountain Eğlence Merkezi'nde eğlenirken televizyonların mega yıldızı Dave Dragon'un kaçırılmasına tanık olurlar. Onu kaçıran Lothar Zogg ile çocuklardan nefret eden patronu Medusa, adamlarıyla eğlence merkezinin etrafını sararlar ve eğlence merkezinin sahibinden on milyon dolar fidye isterler. Bunu öğrenen 3 Küçük Ninja hemen harekete geçerler.