Bir bilgisayar programcısı olan Thomas Anderson aynı zamanda Neo nickname'li çok usta bir "hacker" dır. Ancak siyah takım elbiseli ve gözlüklü adamların yakın takibindedir. Bu takibin nedenini ise kar...

Matrix'te tasvir edilen olaylardan altı ay sonra, Neo, özgür insanlar için iyi bir kehanet olduğunu kanıtladı, çünkü giderek daha fazla insan Matrix'ten kurtulup Direniş'in tek kalesi olan Zion'a geti...

Neo, başka bir cephede savaşı bitirmek için savaşırken aynı zamanda Ajan Smith'e karşı koyar. İnsan şehri Zion, makinelerin kitlesel istilasına karşı kendini savunur....